En sus años de científico fue director del Departamento de Matemáticas de la Universidad de los Andes y del Centro de Ciencia y Tecnología de Antioquia. En el 2000 decidió dar el paso de la academia a la política y fundó el Movimiento Cívico Compromiso Ciudadano, con el cual llegó a la Alcaldía de Medellín para el periodo 2004-2007, y por su desempeño fue elegido por el periódico inglés 'The Financial Times' como el personaje de América Latina 2007. En el 2010 fue la fórmula vicepresidencial del candidato a la presidencia Antanas Mockus por el Partido Verde. Fajardo ha sido conferencista invitado en diversos países del mundo entre los que están Alemania, Italia, Portugal e Inglaterra. Fue elegido con el 49 por ciento de los votos.helgon